Um 1200 werden in der Geschichtsschreibung die Reichenauer Bürger das erstemal erwähnt. Das "Alte Rathaus" entsteht. In ihm befindet sich jetzt das Museum. 

Mitte des 12. Jh. entsteht die Turmburg "Schopflen" am Ostende der Insel. Ein Klosterbrand zerstört die Konvents- und Wirtschaftsgebäude des Klosters und führt zur Auflösung des gemeinsamen monastischen Lebens. 

Anfang des 15. Jahrhundert gibt es nur noch 2 Mönche auf der Insel. 1414/15 , zu Zeiten des Konstanzer Konzils, nimmt der später zum Papst gewählte Kardinal Oddo Colonna Quartier im "Bürgle". 

Mit Markus von Knöringen, Abt des Klosters bis 1540, endet die Abtei Reichenau. Sie wurde an den Bischof von Konstanz verkauft. Die wichtigsten Urkunden werden nach Meersburg überführt.

Zwischen 1605 - 1610 wird unter Bischof Jacob Fugger das Konvent auf der Südseite der Abteikirche neu errichtet.

1799 wird die Abtei endgültig aufgelöst und die Reste der Bibliothek werden nach Karlsruhe gebracht. 1812 werden die Kirchen St. Johann und St. Adelbert abgebrochen.